Ich hatte zuerst den Verdacht, dass die Anwesenheit von Streckenelementen mit genullter Kilometrierung (entstanden durch Teilung von Elementen) diese unnötigen Einträge triggert. Wie sich rausstellte reicht das alleine aber nicht aus. Es muss auch noch ein vMax-Eintrag mit -1 hinzukommen (ebenfalls durch Teilung entstanden). Man bekommt die Leerzeilen weg, wenn man die Elemente neu durchparametriert mit der gewünschten Kilometrierung und Höchstgeschwindigkeit (zwischen Fleckberg und Silberberg habe ich das im obigen Beispiel durchexerziert). Da Nulleinträge sich aber eigentlich nicht auf Buchfahrpläne auswirken sollten, halte ich die Sache für einen Fehler.
Da der Zackeneintrag in der timetable.xml-Datei dort fehlt.